آموزش نرم افزار VMD برای شبیه سازی دینامیک مولکولی
2 ساعت
4.9
از اواخر دهه 1990، زیست شناسی محاسباتی تبدیل به بخش مهمی از فناوری های در حال رشد در زیست شناسی شده است. شبیه سازی دینامیکی مولکولی، تکنیکی است که شما با استفاده از آن می توانید به طور موثری ارتباط بین ساختار و عملکرد ماکرومولکول ها (Macromolecule) را درک کنید. مطالعه ساختار ماکرومولکول ها، نقطه عطف در زیست شناسی به شمار می رود. قوانین مولکولی مبتنی بر ساختار، منجر به درک پدیده های بیولوژیکی پایه، مانند: مکانیزم های آنزیمی، نقل و انتقالات غشایی و ایجاد ساختارهای بزرگی مانند: ریبوزوم ها، کپسیدهای (Capsid) ویروسی و همچنین چگونگی کنترل رونویسی و ترجمه DNA می شود. خروجی شبیه سازی، روند تغییرات سیستم در طی زمان مورد نظر است که با استفاده از معادلات حرکت نیوتن و توابع انرژی پتانسیل به دست می آید. (Visual Molecular Dynamics (VMD نرم افزاری است که برای مدل سازی، نمایش و تجزیه و تحلیل سیستم های بیولوژیکی، مانند: پروتئین ها، اسیدهای نوکلئیک، لیپیدها و... طراحی شده است. آموزش این نرم افزار شما را قادر خواهد ساخت تا طیف گسترده ای از مدل های نمایش و رنگ آمیزی مولکول را مشاهده کنید و همچنین می توانید برای تجزیه و تحلیل یک مسیر شبیه سازی دینامیک مولکولی از آن استفاده کنید. ویژگی های کلیدی نرم افزار VMD عبارتند از: نمایش سه بعدی مولکول در مدل ها و رنگ آمیزی های متفاوت انتخاب زیرمجموعه ای از اتم ها برای نمایش پشتیبانی از اکثر فرمت ها پشتیبانی از تعداد نامحدود اتم ها، مولکول ها یا فریم های مسیر شبیه سازی قابلیت تهیه تصاویر با وضوح بالا قابلیت ساخت فیلم ساخت و تهیه سیستم های شبیه سازی دینامیک مولکولی
