آموزش آنالیز توالی ژن ها با CLC Main Workbench

استفاده از نسخه رایگان نرم افزار گروه نرم افزارهای خانواده CLC و در راس آن‌ ها برنامه MainWorkbrench مجموعه کاملی از کلیه ابزارهای موردنیاز برای تحلیل توالی‌های DNA ،RNAT و پروتئین و حتی ساختارهای سه‌ بعدی آن‌ ها را فراهم می‌ کنند. نرم افزار CLC Main Viewer بدون شک یکی از قدرتمندترین ابزارهای بیوانفورماتیک در این زمینه به شمار می رود. آن چه در مورد کار با نرم افزارهایی از این دست، می‌ بایست مورد توجه قرار گیرد، سطح ریزبینی و نگاه جزئی نگر آن‌ ها است که الزاما در همه سطوح پژوهشی، به آن ‌ها نیازی نداریم. به عنوان مثال، وقتی به دنبال افزایش بیان یک ژن خاص در همان سویه مولد اولیه هستیم، اطمینان داریم که مولفه ‌هایی مانند: ارجحیت کدونی، ساختارهای دوم mRNA و پردازش‌ های پسا ترجمه ‌ای پروتئين، مشکل‌ ساز نخواهند بود. اما اگر به دنبال بیان همان ژن، در یک سویه میزبان جدید باشیم، می‌ بایست اکثر این مولفه‌ ها بررسی شوند. در مورد CLC MainWorkbrech هر چند، نسخه کامل برنامه، حاوی ابزارهای جامع و بسیار سودمندی برای آنالیز توالی‌ ها است، اما مطرح کردن همه آن ‌ها برای کسی که اولین بار، با این نرم افزار آشنا می‌ شود و از طرفی، هنوز با کاربردهای چنین آنالیزهایی آشنا نیست، ممکن است بسیار گیج‌ کننده باشد. در این آموزش، تلاش کردیم با معرفی نسخه Limited این نرم‌ افزار، مخاطبان عزیز فرادرس را با محیط کار و گوشه‌ ای از قابلیت‌ های آن آشنا کنیم و مطالب را طوری ارائه کنیم که برای اکثر دانشجویان، صرف نظر از مقطع تحصیلی و موضوع پایان ‌نامه‌ ها یا پروژه‌ های پژوهشی آن ‌ها، قابل استفاده باشد.

فرادرس

عاطفه شریفی راد