آموزش آشنایی با نرم افزار Cytoscape برای ترسیم و آنالیز انواع شبکه

نرم‌افزار Cytoscape چیست؟ نرم‌افزار سایتواسکیپ یک نرم‌افزار رایگان و متن‌باز برای تجزیه و تحلیل شبکه‌های بزرگ است که برای مطالعه و تحلیل شبکه‌های مولکولی، شبکه‌های ارتباطی، شبکه‌های عصبی و سایر شبکه‌های پیچیده مورد استفاده قرار می‌گیرد. برای بررسی شبکه، داده‌ها باید به صورت گراف مدل شوند. گراف مجموعه‌ای از راس‌ها و یال‌ها است که گر‌ه‌ها واحدهای تشکیل دهنده شبکه و یال‌ها ارتباطات بین این واحدها را مشخص می‌کنند. برای تعیین اهمیت راس‌ها از معیارهای مرکزیت استفاده می‌شود. اهمیت یادگیری نرم‌افزار Cytoscape چیست؟ نرم‌افزار سایتواسکیپ محبوبیت زیادی بین کاربران و متخصصان دارد و مقاله‌های زیادی به آن استناد کرده‌اند. علاوه بر امکانات موجود در این نرم‌افزار، افزونه‌های (Plugins) زیادی هم برای آن موجود است.ین کاربرد سایتواسکیپ در حوزه بیوانفورماتیک و تحلیل شبکه های اجتماعی است. از شبکه های معروف در حوزه بیوانفورماتیک می توان به: شبکه های تعامل پروتئین – پروتئین (PPI)، شبکه بیان ژن، شبکه متابولیکی و شبکه فیلوژنی اشاره کرد. در این فرادرس چه چیزی یاد می‌گیریم؟ در این آموزش پس از دانلود و نصب نرم‌افزار، نحوه ایجاد شبکه‌های مختلف را یاد می‌گیریم؛ نحوه جستجو در شبکه را بررسی می‌کنیم؛ در ادامه به استایل‌ها‌دهی به گره‌ها می‌پردازیم و در نهایت کار با فیلترها و ایجاد و انتخاب گره‌ها به کمک آن‌ها را فرا خواهیم گرفت.

فرادرس

فرشید شیرافکن